Setelah komponen-komponen biaya dan manfaat telah dapat diidentifikasi, selanjutnya analisis biaya/manfaat ini dapat dilakukan untuk menentukan apakah proyek sistem informasi ini layak atau tidak. Di dalam analisis suata invetasi, terdapat dua aliran kas, yaitu aliran kas keluar (cash outflows) dan aliran kas masuk (cash inflow). Aliran kas keluar terjadi karena pengeluaran-pengeluran uang untuk biaya investasi. Aliran kas masuk terjadi dari manfaat yang dihasilkan oleh investasi. Aliran kas masuk inisering dihubungkan dengan proceed, yaitu keuntungan bersih sesudah pajak ditambah dengan depresiasi (bila depresiasi dimasukkan dalam komponen biaya).
Terdapat beberapa metode untuk melakukan analisis biaya/manfaat, diantaranya sebagai berikut :
a. Metode periode pengembalian (payback period).
Metode ini menilai proyek investasi dengan dasar lamanya investasi tersebut dapat tertutup dengan aliran-aliran kas masuk. Metode ini tidak memasukkan faktor bunga kedalam perhitungannya.
b. Metode pengembalian investasi (return on investment/ROI).
Metode ini digunakan untuk mengukur prosentase manfaat yang dihasilkan oleh proyek dibandingkan dengan biaya yang dikeluarkannya. ROI dari suatu
proyek inventasi dapat dihitung dengan rumus :
ROI = v Total manfaat - total biaya / Total biaya
c. Metode nilai sekarang bersih (net present value/NPV).
Metode payback period dan ROI tidak memperhatikan nilai waktu dari uang (time value of money) atau time preference of money). Satu rupiah nilai uang sekarang lebih berharga dari satu rupiah nilai uang dikemudian hari. NPV merupakan metode yang memperhatikan nilai waktu dari uang. Metode ini menggunakan suku bunga diskonto yang akan mempengaruhi proceed atau arudari uangnya. NPV dapat dihitung dari selisih nilai proyek pada awal tahun dikurangi dengan total proceed tiap-tiap tahun yang dinilai uang ke tahun awal dengan tingkat bunga diskonto. Besarnya NPV bila dinyatakan dalam rumus adalah sebagai berikut :
NPV = nilai proyek + ((Proceed 1 + Proceed 2 + Proceed n ) / ( 1 + i )1 + ( 1 + i )2 ( 1 + i )n
) )
i = tingkat bunga diskonto diperhitungkan
n = umur proyek investasi
Bila NPV bernilai lebih besar dari 0, berarti investasi menguntungkan dan dapat diterima.
d. Metode tingkat pengembalian internal (internal rate of return/IRR).
Merupakan metode yang memperhatikan nilai waktu dari uang. Pada metode NPV, tingkat bunga yang diinginkan telah ditetapkan sebelumnya, sedang pada metode IRR justru tingkat bunga tersebut yang akan dihitung. Tingkat bunga yang akan dihitung ini merupakan tingkat bunga yang akan menjadikan jumlah nilai sekarang dari tiap-tiap proceed yang didiskontokan dengan tingkat bung tersebut sama besarnya dengan nilai sekarang dari initial cash outflow (nilai proyek). Atau dengan kata lain tingkat bunga ini adalah merupakan tingkat bunga persis investasi bernilai impas, yaitu tidak menguntungkan dan juga tidak merugikan.